Трудовая деятельность Михаила Пономарева началась в 1977 году, тогда он был штурманом самолета Ан-24. В период с 1994 по 1996 года он занимал должность замглавы администрации Ямало-Ненецкого автономного округа, а позже стал вице-губернатором. Уже в 2000 году Пономарев стал заместителем полномочного представителя президента России в УрФО.
С 2016 года Михаил Николаевич начал представлять в Совете Федерации законодательный орган государственной власти Тюменской области.
«Всю жизнь он служил людям и Родине. Михаил Пономарев много сделал и на посту депутата Тюменской областной Думы, и на посту сенатора, представляя интересы нашей области в Совете Федерации», — рассказал губернатор региона Александр Моор.