Отмечается, что госучреждение не исполнило ранее выданное предписание Россельхознадзора. На двух участках, которые принадлежат центру, не проведены работы по уничтожению сорняков. Общая площадь не обработанной земли составила более 20 га.
В составе ТюмНЦ СО РАН действует отдел биоресурсов криосферы, институт проблемы освоения Севера. Специалисты организации постоянно получают президентские гранты, в сентябре 2019 года их получили двое сотрудников ТюмНЦ СО РАН.
В марте 2018 года городской суд постановил отменить сделку ТюмНЦ СО РАН с инжиниринговой компанией по аренде гаражей. Иск был подан прокуратурой Тюменской области.