Отмечается, что бывшие сотрудники компании пожаловались депутату Госдумы РФ на якобы имевшие место хищения и отмывание денег в дочерней структуре «Газпрома». Они утверждают, что на строительных подрядах и при капремонте объектов организации государству причинен ущерб в размере 1 млрд рублей. В частности около 700 000 000 рублей было похищено при искусственном завышении цен подрядными организациями.
В июне 2016 года бывшему сотруднику ГТЮ пришел ответ на многочисленные жалобы и заявления от начальника отдела обработки и рассмотрения обращений ГУ ЭБиПК МВД РФ Ожоговой. В ведомстве не нашли подтверждений его словам о якобы имевшихся хищениях. По материалам проверки было вынесено постановление об отказе в возбуждении уголовного дела ввиду отсутствия события преступления.
Недавно прокурор Ямала данное постановление отменил. В частности речь идет о заявлении бывшего сотрудника «Газпром трансгаз Югорск» о необоснованной выплаты организации адрес ООО «Промстройгаз» в объеме 80 млн рублей и ООО «Пангодыгазстрой» в объеме 17 млн рублей.